A área está inserida numa região sob intensa pressão de exploração florestal e ocupação agrícola. É composta por três grandes fragmentos separados por estradas municipais e estaduais, mas que no entanto estão muito próximos e com grande possibilidade de conexão. Esses fragmentos encontram-se em diferentes estágios de regeneração.
Um deles encontra-se em estagio mais conservado, onde se destaca um imenso dossel continuo de pinheiro brasileiro ou araucária (Araucaria angustifolia), e no seu subbosque são encontradas imbuias (Ocotea porosa), sapopema (Sloanea lasiocoma), erva-mate (Ilex paraguariensis) e outras espécies florestais que caracterizam a formação florestal primária.
Nos outros dois fragmentos, são freqüentes as áreas onde é possível observar a interferência de atividades antrópicas diversas, que formam clareiras no interior da mata e são responsáveis pela caracterização de diversos estágios sucessionais. Porém, nesses fragmentos também é possível observar diversos pinheiros brasileiros adultos, e outras espécies florestais como canela-amarela (Nectandra lanceolata), canela-preta (Nectandra megapotamica), pau-andrade (Persea major), uvaia (Eugenia pyriformis), guamirim (Myrcia obtecta), camboatá (Matayba elaegnoides), pessegueiro-bravo (Prunus sellowii), tarumã (vitex megapotamica), entre outras. Assim como estão presentes, a canela-sassáfras (Ocotea odorifera) e o xaxim-bugio ou samambaiaçu-imperial (Dicksonia sellowiana), espécies essas que fazem parte da Lista Oficial de Espécies da Flora Brasileira Ameaçada de Extinção.
Além da fragmentação, que se constitui em uma das principais ameaças a ESEC da Mata Preta, destacam-se também caça, prática de colocar fogo nas lavouras no final do inverno principalmente naquelas localizadas na zona de amortecimento (ZA), abandono de animais domésticos, captura de animais silvestres para criação em cativeiros, presença de espécies exóticas invasoras, entre outras.
A ESEC da Mata Preta é responsável pela manutenção da qualidade de diversos afluentes do Rio Chapecó, responsável pelo abastecimento de água do município de Abelardo Luz, e formador de um dos principais pontos turísticos da região, as “Quedas do rio Chapecó”.
A ZA desta unidade de conservação é definida em 500 metros e abrange parte do município de Clevelândia (PR), é formada por assentamentos da reforma agrária, pequenas e grandes propriedades rurais. Nessa área de maneira diversificada, é desenvolvida a agricultura familiar, grandes plantios de pinus, imensas lavouras de soja, trigo e milho.
Como forma de apoiar a implementação desta UC, a Associação de Preservação do Meio Ambiente e da Vida ( Apremavi), com apoio do PDA Mata Atlântica e parceria com The Nature Conservancy (TNC) e outras entidades do estado de Santa Catarina, está desenvolvendo no período de julho de 2007 a novembro de 2009, o projeto Elaboração dos Planos de Manejo da Estação Ecológica da Mata Preta e do Parque Nacional das Araucárias”.
Para a ESEC da Mata Preta, a Apremavi e a Cinco Reinos Pesquisas e Serviços Ambientais elaboraram um Plano de Ação para Conservação da área, e a Apremavi está trabalhando na formação do conselho consultivo. Esta iniciativa conta ainda com a anuência e colaboração do Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio).